เครือข่ายมหาวิทยาลัย

ชีวสารสนเทศศาสตร์ของพืช

รายละเอียด

15 ปีที่ผ่านมาเป็นสิ่งที่น่าตื่นเต้นในชีววิทยาของพืช จีโนมพืชหลายร้อยได้รับการจัดลำดับตามลำดับ RNA-seq ได้เปิดใช้งานการทำโปรไฟล์นิพจน์แบบ transcriptome และการเพิ่มจำนวนของวิธีการที่ใช้ฐาน "-seq" ทำให้สามารถกำหนดปฏิกิริยาระหว่างโปรตีนกับโปรตีนและโปรตีนดีเอ็นเอได้ในราคาถูกและในปริมาณงานที่สูง ลักษณะ. ชุดข้อมูลเหล่านี้ทำให้เราสามารถสร้างสมมติฐานได้ด้วยการคลิกเมาส์ ตัวอย่างเช่นการรู้ว่ายีนแสดงออกที่ไหนและเมื่อใดสามารถช่วยให้เรา จำกัด พื้นที่การค้นหาฟีโนไทป์ให้แคบลงเมื่อเราไม่เห็นฟีโนไทป์ในยีนกลายพันธุ์ภายใต้สภาวะการเจริญเติบโต "ปกติ" การวิเคราะห์ Coexpression และเครือข่ายการเชื่อมโยงสามารถให้ยีนของผู้สมัครคุณภาพสูงที่เกี่ยวข้องกับกระบวนการทางชีววิทยาที่น่าสนใจ การใช้การวิเคราะห์การเพิ่มคุณค่าของยีนออนโทโลยีและเครื่องมือสร้างภาพพา ธ เวย์สามารถช่วยให้เราเข้าใจถึง 'การทดลอง omics ของเราเองและตอบคำถามว่า "กระบวนการ / เส้นทางใดที่ถูกรบกวนในสิ่งที่เราสนใจในการกลายพันธุ์"

โครงสร้าง: แต่ละโมดูล 6 สัปดาห์แบบฝึกหัดประกอบด้วยการแนะนำ ~ 2 นาที, การบรรยายแบบทฤษฎี ~ 20 นาที, การทดลองปฏิบัติจริง 1.5 ชั่วโมง, การทดลองใช้เวลาอีก 20 นาทีหากมีปัญหาในการทดลองและ สรุป ~ 2 นาที

เครื่องมือที่ครอบคลุม:
โมดูล 1: ฐานข้อมูล GENOMIC / PRECOMPUTED GENE TREES / PROTEIN TOOLS Araport, TAIR, Gramene, EnsemblPlants Compara, PLAZA; SUBA4 และ Cell eFP Browser, 1001 เบราว์เซอร์ Genomes
โมดูล 2: เครื่องมือการแสดงออก eFP Browser / eFP-Seq Browser, Araport, Genevestigator, TravaDB, NCBI Genome Data Viewer สำหรับการสำรวจข้อมูล RNA-seq สำหรับพืชหลายชนิดนอกเหนือจาก Arabidopsis, ฐานข้อมูล MPSS สำหรับ RNA ขนาดเล็ก
โมดูล 3: เครื่องมือ COEXPRESSION ATTED II, Expression Angler, AraNet, AtCAST2
โมดูล 4: การวิเคราะห์โปรโมชัน Cistome, Athena, ePlant
โมดูลที่ 5: การวิเคราะห์การดำเนินการไปและการจำลองทางเดิน AgriGO, AmiGO, การจำแนกประเภท SuperViewer, TAIR, g: profiler, AraCyc, MapMan (ตัวเลือก: Plant Reactome)
โมดูล 6: การสำรวจเครือข่าย Arabidopsis Interactions Viewer 2, ePlant, TF2Network, โรงงานเสมือนจริง, GeneMANIA

[วัสดุปรับปรุงในเดือนมิถุนายน 2019]

ราคา: ลงทะเบียนฟรี!

ÀÒÉÒ: English

คำบรรยาย: English

ชีวสารสนเทศศาสตร์ของพืช - มหาวิทยาลัยโตรอนโต