การเปรียบเทียบยีนโปรตีนและจีโนม (Bioinformatics III)

รายละเอียด

เมื่อเรามีลำดับจีโนมในหลักสูตรก่อนหน้าเราต้องการเปรียบเทียบพวกมันเพื่อพิจารณาว่าสปีซีส์มีวิวัฒนาการอย่างไรและอะไรทำให้แตกต่างกัน

ในช่วงครึ่งแรกของหลักสูตรเราจะเปรียบเทียบลำดับทางชีวภาพสั้น ๆ สองลำดับเช่นยีน (เช่นลำดับสั้น ๆ ของ DNA) หรือโปรตีน เราจะพบเครื่องมืออัลกอริทึมที่ทรงพลังที่เรียกว่าการเขียนโปรแกรมแบบไดนามิกที่จะช่วยให้เรากำหนดจำนวนการกลายพันธุ์ที่แยกยีน / โปรตีนสองตัว

ในช่วงครึ่งหลังของหลักสูตรเราจะ“ ย่อ” เพื่อเปรียบเทียบจีโนมทั้งหมดซึ่งเราจะเห็นการกลายพันธุ์ขนาดใหญ่ที่เรียกว่าการจัดเรียงใหม่ของจีโนมเหตุการณ์แผ่นดินไหวที่ทำลายดีเอ็นเอจำนวนมากในช่วงวิวัฒนาการหลายล้านปี เมื่อมองไปที่จีโนมของมนุษย์และเมาส์เราจะถามตัวเองเช่นเดียวกับที่แผ่นดินไหวมีแนวโน้มที่จะเกิดขึ้นตามแนวรอยเลื่อนมีตำแหน่งในจีโนมของเราที่ "เปราะบาง" และอ่อนแอกว่าที่จะถูกทำลายเนื่องจากเป็นส่วนหนึ่งของการจัดเรียงใหม่ เราจะมาดูกันว่าอัลกอริทึม combinatorial จะช่วยเราตอบคำถามนี้ได้อย่างไร

สุดท้ายคุณจะได้เรียนรู้วิธีการใช้เครื่องมือซอฟต์แวร์ด้านชีวสารสนเทศยอดนิยมเพื่อแก้ไขปัญหาในการจัดเรียงลำดับรวมถึง BLAST