การจัดลำดับจีโนมทั้งหมดของจีโนมแบคทีเรีย – เครื่องมือและการใช้งาน

รายละเอียด

หลักสูตรนี้จะครอบคลุมหัวข้อการหาลำดับจีโนมของจีโนมของแบคทีเรียซึ่งมีความเกี่ยวข้องกับภาคการแพทย์มากขึ้นเรื่อย ๆ เทคโนโลยีและแอปพลิเคชันของ WGS อยู่ในระดับสูงในวาระทางการเมืองระหว่างประเทศเนื่องจากวิธีการแบบดั้งเดิมถูกแทนที่ด้วยเทคโนโลยี WGS ดังนั้นเครื่องมือทางชีวสารสนเทศจึงมีความสำคัญอย่างยิ่งต่อการอนุญาตให้คนที่ทำงานในภาคนี้สามารถวิเคราะห์ข้อมูลและรับผลลัพธ์ที่สามารถตีความได้ และใช้เพื่อวัตถุประสงค์ที่แตกต่างกัน หลักสูตรนี้จะให้ผู้เรียนมีพื้นฐานในการทำความเข้าใจและทำความคุ้นเคยกับแอปพลิเคชั่น WGS ในการเฝ้าระวังแบคทีเรียรวมถึงการจำแนกชนิดการพิมพ์และการจำแนกลักษณะของการดื้อยาต้านจุลชีพและลักษณะของความรุนแรง นอกจากนี้ยังเปิดโอกาสให้ผู้เรียนเรียนรู้เกี่ยวกับเครื่องมือออนไลน์และสิ่งที่พวกเขาสามารถนำไปใช้ในการสาธิตวิธีการใช้เครื่องมือและแบบฝึกหัดเหล่านี้เพื่อแก้ไขโดยผู้เรียนที่ใช้เครื่องมือวิเคราะห์ WGS ที่มีอิสระ

ในตอนท้ายของหลักสูตรนี้คุณควรจะสามารถ:

1. อธิบายหลักการทั่วไปในการพิมพ์แบคทีเรีย
2. ยกตัวอย่างการใช้งาน Whole Genome Sequencing เพื่อเฝ้าระวังเชื้อแบคทีเรียและการดื้อยาต้านจุลชีพ
3. ใช้เครื่องมือจีโนมสำหรับการพิมพ์ย่อยและการเฝ้าระวัง
4. กำหนดแนวคิดของ Next-Generation Sequencing และอธิบายข้อมูลการเรียงลำดับจาก NGS
5. อธิบายวิธีทำชุดประกอบโนโวตั้งแต่การอ่านแบบดิบไปจนถึงแบบคอน
6. แจกแจงวิธีที่อยู่เบื้องหลังเครื่องมือสำหรับการระบุชนิด, การพิมพ์ MLST และการตรวจหายีนต้านทาน
7. ใช้เครื่องมือในการจำแนกชนิด, การพิมพ์ MLST และการตรวจหายีนต้านทานในกรณีที่แท้จริงของจีโนมแบคทีเรียและเชื้อโรค
8. อธิบายวิธีเบื้องหลังเครื่องมือสำหรับการพิมพ์ Salmonella และ E.coli, การตรวจจับพลาสมิดแบบจำลองพลาสมิดและการพิมพ์พลาสมิด
9. ใช้เครื่องมือสำหรับการพิมพ์ Salmonella และ E.coli, การตรวจพลาสมิดแบบจำลองพลาสมิดและการพิมพ์พลาสมิดในกรณีจริงของจีโนมแบคทีเรียและเชื้อโรคอื่น ๆ
10. อธิบายแนวคิดและสามารถใช้ท่อวิเคราะห์แบคทีเรียแบบรวมสำหรับการวิเคราะห์แบทช์และพิมพ์ข้อมูลจีโนม
11. สาธิตวิธีการสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการโดยใช้ SNP
12. ใช้เครื่องมือวิวัฒนาการสายพันธุ์เพื่อสร้างต้นไม้สายวิวัฒนาการและอธิบายความเกี่ยวข้องของสายพันธุ์แบคทีเรียหรือเชื้อโรค
13. อธิบายถึงวิธีการสร้างฐานข้อมูลลำดับของคุณเอง
14. ใช้เครื่องมือ MyDbFinder เพื่อตรวจหาเครื่องหมายทางพันธุกรรมที่น่าสนใจจากการหาลำดับจีโนมทั้งหมด