Big Data Science ด้วย BD2K-LINCS Data ประสานงานและศูนย์รวม เครือข่ายมหาวิทยาลัย

รายละเอียด

Library of Cellular Signatures Cellular Signatures (LINCS) เป็นโปรแกรมกองทุนรวมของ NIH ความคิดคือการรบกวนเซลล์ชนิดต่าง ๆ ของมนุษย์ที่มีการก่อกวนหลายประเภทเช่น: ยาเสพติดและโมเลกุลขนาดเล็กอื่น ๆ การดัดแปลงพันธุกรรมเช่นการทำให้ล้มลงหรือแสดงออกมากเกินไปของยีนเดี่ยว การจัดการของสภาพแวดล้อมไมโครเซลนอกเซลล์ตัวอย่างเช่นการเพิ่มเซลล์บนพื้นผิวที่แตกต่างกันและอื่น ๆ การก่อกวนเหล่านี้จะนำไปใช้กับเซลล์มนุษย์ประเภทต่าง ๆ รวมถึงเซลล์ต้นกำเนิด pluripotent ที่เหนี่ยวนำให้เกิดจากผู้ป่วยซึ่งแตกต่างกันไปในสายเลือดต่างๆเช่นเซลล์ประสาทหรือ cardiomyocytes จากนั้นเพื่อทำความเข้าใจเครือข่ายโมเลกุลที่ได้รับผลกระทบจากการก่อกวนเหล่านี้มากขึ้นการวัดระดับการเปลี่ยนแปลงของตัวแปรต่าง ๆ มากมายรวมถึง: mRNAs โปรตีนและเมตาโบไลท์รวมถึงการเปลี่ยนแปลงฟีโนไทป์ของเซลล์เช่นการเปลี่ยนแปลงสัณฐานวิทยาของเซลล์ ศูนย์ประสานงานและบูรณาการข้อมูล BD2K-LINCS (DCIC) ได้รับมอบหมายให้จัดระเบียบวิเคราะห์แสดงภาพและรวมข้อมูลนี้เข้ากับแหล่งข้อมูลที่เกี่ยวข้องอื่น ๆ ในหลักสูตรนี้เราแนะนำ DCIC และศูนย์ต่างๆที่รวบรวมข้อมูลสำหรับ LINCS โดยย่อ จากนั้นเราจะครอบคลุมข้อมูลเมตาและวิธีการเชื่อมโยงข้อมูลเมตากับจีส์ จากนั้นเราจะนำเสนอวิธีการประมวลผลข้อมูลและการทำให้เป็นมาตรฐานเพื่อทำความสะอาดและประสานข้อมูล LINCS ต่อไปนี้การอภิปรายเกี่ยวกับวิธีการให้บริการข้อมูลเป็น RESTful API สิ่งสำคัญที่สุดคือหลักสูตรนี้ครอบคลุมวิธีการคำนวณ ได้แก่ การจัดกลุ่มข้อมูลการวิเคราะห์การเพิ่มประสิทธิภาพของชุดข้อมูลการสร้างภาพข้อมูลเชิงโต้ตอบและการเรียนรู้แบบมีผู้สอน ในที่สุดเราแนะนำโครงการ crowdsourcing / พลเมือง - วิทยาศาสตร์ซึ่งนักเรียนสามารถทำงานร่วมกันเป็นทีมเพื่อแยกลายเซ็นนิพจน์จากฐานข้อมูลสาธารณะแล้วค้นหาคอลเลกชันของลายเซ็นดังกล่าวกับข้อมูล LINCS สำหรับการทำนายโมเลกุลขนาดเล็กเป็นวิธีบำบัดที่มีศักยภาพ