มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียซานดิเอโกการศึกษาออนไลน์ฟรี

การหาลำดับจีโนม (ชีวสารสนเทศศาสตร์ XNUMX)

รายละเอียด

คุณอาจเคยได้ยินมามากมายเกี่ยวกับการจัดลำดับจีโนมและศักยภาพในการนำมาใช้ในยุคของการแพทย์เฉพาะบุคคล แต่การจัดลำดับจีโนมหมายถึงอะไร?

นักชีววิทยายังไม่สามารถอ่านนิวคลีโอไทด์ของจีโนมทั้งหมดได้เหมือนกับที่คุณอ่านหนังสือตั้งแต่ต้นจนจบ อย่างไรก็ตามพวกเขาสามารถอ่านดีเอ็นเอสั้น ๆ ในหลักสูตรนี้เราจะมาดูกันว่าสามารถใช้ทฤษฎีกราฟประกอบจีโนมจากชิ้นส่วนสั้น ๆ เหล่านี้ได้อย่างไร เราจะเรียนรู้เพิ่มเติมเกี่ยวกับอัลกอริทึมกำลังดุร้ายและนำไปใช้กับการจัดลำดับมินิโปรตีนที่เรียกว่ายาปฏิชีวนะ

ในช่วงครึ่งแรกของหลักสูตรเราจะเห็นว่านักชีววิทยาไม่สามารถอ่านนิวคลีโอไทด์ 3 พันล้านจีโนมของมนุษย์ได้เหมือนกับที่คุณอ่านหนังสือตั้งแต่ต้นจนจบ อย่างไรก็ตามพวกเขาสามารถอ่านชิ้นส่วนดีเอ็นเอที่สั้นกว่าได้ ในหลักสูตรนี้เราจะมาดูกันว่าทฤษฎีกราฟสามารถนำมาใช้ในการประกอบจีโนมจากชิ้นส่วนสั้น ๆ เหล่านี้ในจำนวนเท่าใดจนถึงตัวต่อที่ใหญ่ที่สุดเท่าที่เคยมีมา

ในช่วงครึ่งหลังของหลักสูตรเราจะพูดถึงยาปฏิชีวนะซึ่งเป็นหัวข้อที่มีความเกี่ยวข้องอย่างมากเนื่องจากแบคทีเรียที่ดื้อต่อยาต้านจุลชีพเช่น MRSA กำลังเพิ่มขึ้น คุณรู้จักยาปฏิชีวนะเป็นยา แต่ในระดับโมเลกุลพวกมันเป็นโปรตีนขนาดเล็กสั้น ๆ ที่ได้รับการออกแบบโดยแบคทีเรียเพื่อฆ่าศัตรู การกำหนดลำดับของกรดอะมิโนที่ประกอบขึ้นเป็นหนึ่งในยาปฏิชีวนะเหล่านี้เป็นปัญหาการวิจัยที่สำคัญและเป็นปัญหาการวิจัยที่คล้ายกับการจัดลำดับจีโนมโดยการประกอบชิ้นส่วนดีเอ็นเอเล็ก ๆ เราจะมาดูกันว่าอัลกอริธึม brute force ที่ลองใช้ทุกวิธีที่เป็นไปได้นั้นสามารถระบุยาปฏิชีวนะที่เกิดขึ้นตามธรรมชาติเพื่อให้สามารถสังเคราะห์ในห้องปฏิบัติการได้อย่างไร

สุดท้ายนี้คุณจะได้เรียนรู้วิธีใช้เครื่องมือซอฟต์แวร์ชีวสารสนเทศที่เป็นที่นิยมเพื่อจัดลำดับจีโนมของแบคทีเรีย Staphylococcus ที่เป็นอันตรายซึ่งได้รับการดื้อยาปฏิชีวนะ

ราคา: ลงทะเบียนฟรี!

ÀÒÉÒ: English

คำบรรยาย: อังกฤษ, โปรตุเกส (บราซิล), จีน (ตัวย่อ)

การหาลำดับจีโนม (ชีวสารสนเทศศาสตร์ XNUMX) - มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียซานดิเอโก