การหาการกลายพันธุ์ใน DNA และโปรตีน (ชีวสารสนเทศศาสตร์) เครือข่ายมหาวิทยาลัย

รายละเอียด

ในหลักสูตรก่อนหน้าในความเชี่ยวชาญเราได้พูดถึงวิธีการเรียงลำดับและเปรียบเทียบจีโนม หลักสูตรนี้จะครอบคลุมหัวข้อขั้นสูงในการค้นหาการกลายพันธุ์ที่แฝงตัวอยู่ภายใน DNA และโปรตีน

ในช่วงครึ่งแรกของหลักสูตรเราอยากถามว่าจีโนมของแต่ละคนแตกต่างจาก "จีโนมอ้างอิง" ของสิ่งมีชีวิตอย่างไร เป้าหมายของเราคือนำดีเอ็นเอชิ้นเล็ก ๆ จากแต่ละบุคคลและ "แมป" ไปยังจีโนมอ้างอิง เราจะเห็นว่าอัลกอริธึมการจับคู่รูปแบบ Combinatorial ในการแก้ปัญหานี้มีความสง่างามและมีประสิทธิภาพสูงโดยต้องใช้รันไทม์และหน่วยความจำเพียงเล็กน้อย

ในช่วงครึ่งหลังของหลักสูตรเราจะเรียนรู้วิธีการระบุฟังก์ชั่นของโปรตีนแม้ว่ามันจะถูกโจมตีด้วยการกลายพันธุ์จำนวนมากเมื่อเทียบกับโปรตีนที่คล้ายกันที่มีฟังก์ชั่นที่รู้จักซึ่งมันแทบจะจำไม่ได้ ยกตัวอย่างเช่นในกรณีศึกษาเอชไอวีเนื่องจากไวรัสมักจะกลายพันธุ์อย่างรวดเร็วจนนักวิจัยสามารถต่อสู้เพื่อศึกษาได้ วิธีที่เราจะใช้นั้นขึ้นอยู่กับเครื่องมือเรียนรู้เครื่องจักรที่ทรงพลังที่เรียกว่าโมเดลมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่

ในที่สุดคุณจะได้เรียนรู้วิธีการใช้เครื่องมือซอฟต์แวร์ด้านชีวสารสนเทศยอดนิยมที่ใช้โมเดลมาร์คอฟที่ซ่อนอยู่เพื่อเปรียบเทียบโปรตีนกับตระกูลโปรตีนที่เกี่ยวข้อง