เครือข่ายมหาวิทยาลัย

ความท้าทายในการเขียนโปรแกรมประกอบจีโนม

รายละเอียด

ในฤดูใบไม้ผลิปี 2011 ผู้คนนับพันในเยอรมนีเข้ารับการรักษาในโรงพยาบาลด้วยโรคร้ายแรงที่เริ่มต้นจากอาหารเป็นพิษด้วยอาการท้องเสียนองเลือดและมักนำไปสู่ภาวะไตวาย มันเป็นจุดเริ่มต้นของการระบาดที่ร้ายแรงที่สุดในประวัติศาสตร์เมื่อไม่นานมานี้ซึ่งเกิดจากเชื้อแบคทีเรียลึกลับที่เราจะเรียกว่าอีโคไล X ในไม่ช้าเจ้าหน้าที่ชาวเยอรมันได้เชื่อมโยงการระบาดของโรคนี้กับร้านอาหารในLübeckซึ่งมีลูกค้าเกือบ 20% พัฒนาอาการท้องเสียนองเลือดในหนึ่งสัปดาห์ เมื่อมาถึงจุดนี้นักชีววิทยารู้ว่าพวกเขากำลังเผชิญหน้ากับเชื้อโรคที่ไม่รู้จักมาก่อนและวิธีการแบบดั้งเดิมจะไม่พอเพียง - นักชีววิทยาการคำนวณจะต้องรวบรวมและวิเคราะห์จีโนมของเชื้อโรคที่เพิ่งเกิดใหม่

เพื่อตรวจสอบที่มาของการวิวัฒนาการและศักยภาพในการทำให้เกิดโรคของสายพันธุ์การระบาดนักวิจัยจึงเริ่มโครงการวิจัยฝูงชน พวกเขาปล่อยข้อมูลการจัดลำดับดีเอ็นเอของแบคทีเรียจากผู้ป่วยรายหนึ่งซึ่งนำเสนอการวิเคราะห์ที่ดำเนินการโดยนักชีววิทยาทางคอมพิวเตอร์ในสี่ทวีป พวกเขาใช้ GitHub สำหรับโครงการ: https://github.com/ehec-outbreak-crowdsourced/BGI-data-analysis/wiki

การระบาดของโรคในปี 2011 เป็นตัวอย่างของนักระบาดวิทยาที่ร่วมมือกับนักชีววิทยาทางคอมพิวเตอร์เพื่อหยุดการระบาด ในการท้าทายการเขียนโปรแกรมประกอบจีโนมนี้คุณจะตามรอยเท้าของนักชีวสารสนเทศที่กำลังสืบสวนการระบาดของโรคโดยการพัฒนาโปรแกรมเพื่อรวบรวมจีโนมของ E. coli X จากสารตั้งต้นที่ทับซ้อนกันหลายล้านของจีโนม E.coli X

คุณมีปัญหาทางเทคนิคหรือไม่? เขียนถึงเรา: coursera@hse.ru

ราคา: ลงทะเบียนฟรี!

ÀÒÉÒ: English

คำบรรยาย: English

ความท้าทายในการเขียนโปรแกรมประกอบจีโนม - มหาวิทยาลัยแคลิฟอร์เนียซานดิเอโก